Projekt Žvepleni izviri v Sloveniji s krasoslovnega vidika in njihova mikrobiota Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J6-0152-0618-08
Projekt Informacijsko-tehnološka mreža za integriranje dolgoročnih ekoloških, biodiverzitetnih in socioekonomskih raziskav na krasu: LTER-Slovenija Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J7-0546-0618-08
Projekt Integralni sistem poplavno vzdržnega prostorskega načrtovanja Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Barbara Goličnik Marušić Šifra: J5-7178
Projekt Preučevanje mikrobioma kraških podzemnih voda z novejšimi pristopi v metagenomiki Trajanje projekta: 1. julij 2014–30. junij 2017 Vodja projekta: dr. Blaž Stres Šifra: J1-6741
Projekt Modeliranje hidrološkega odziva nehomogenih povodij Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: Mitja Brilly (Fakulteta za gradbeništvo in geodezijo, Univerza v Ljubljani) Šifra: J2-7322 (D)
Projekt Ekohidrološka študija prostorsko-časovne dinamike v kraških kritičnih conah v različnih podnebnih razmerah Trajanje projekta: 1. januar 2021–31. december 2024 Vodja projekta: Izr. prof. dr. Nataša Ravbar Šifra: NK-0002