Projekt Spremenljivost pretakanja voda in prenosa snovi v krasu ob različnih hidroloških pogojih - primeri z Dinarskega krasa Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2010 Šifra: Z6-0156
Projekt Pehotna strelišča kot dejavnik tveganja za okolje s poudarkom na ekološki sanaciji pehotnega strelišča na vojaškem poligonu Poček Trajanje projekta: 1. avgust 2007–31. julij 2009 Vodja projekta: dr. Boštjan Pokorny, ERICO Velenje Šifra: M3-0213
Projekt Žvepleni izviri v Sloveniji s krasoslovnega vidika in njihova mikrobiota Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J6-0152-0618-08
Projekt Informacijsko-tehnološka mreža za integriranje dolgoročnih ekoloških, biodiverzitetnih in socioekonomskih raziskav na krasu: LTER-Slovenija Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J7-0546-0618-08
Projekt Integralni sistem poplavno vzdržnega prostorskega načrtovanja Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Barbara Goličnik Marušić Šifra: J5-7178
Projekt Ogljikov cikel na krasu – kvantitativna fizično-geografska opredelitev za različne podnebno-reliefne tipe Slovenije Trajanje projekta: 1. avgust 2013–31. julij 2015 Šifra: Z6-5568
Projekt Karst Carbon Cycle - Quantitative Physicogeographical Determination for the Various Climate Relief Types of Slovenia Trajanje projekta: 1. avgust 2013–31. julij 2015 Šifra: Z6-5568
Projekt Preučevanje mikrobioma kraških podzemnih voda z novejšimi pristopi v metagenomiki Trajanje projekta: 1. julij 2014–30. junij 2017 Vodja projekta: dr. Blaž Stres Šifra: J1-6741
Projekt Modeliranje hidrološkega odziva nehomogenih povodij Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: Mitja Brilly (Fakulteta za gradbeništvo in geodezijo, Univerza v Ljubljani) Šifra: J2-7322 (D)
Projekt Raziskave za opredelitev in preprečevanje obremenjevanja vodozbirnega zaledja Jelševniščice in Otovca, s posebnim ozirom na habitat črne človeške ribice Trajanje projekta: 1. oktober 2021–30. september 2023 Šifra: V1-2139