Projekt Uporaba sledenj z naravnimi in umetnimi sledili pri načrtovanju zaščite kraških vod Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: L2-1152
Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Projekt Meritve in analiza izbranih klimatskih parametrov v kraških jamah: Primer sistema Postojnskih jam Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Šifra: L6-2156-0618
Projekt BIOMOT - MOTivacijski potencial ekosistemskih storitev in alternativni načini za izražanje vrednosti BIOtske raznovrstnosti Trajanje projekta: 1. september 2011–31. avgust 2015 Vodja projekta: dr. Wouter T. de Groot
Projekt Razvoj in uporaba metode za količinsko in kakovostno ovrednotenje vodnih virov v krasu Trajanje projekta: 1. marec 2016–28. februar 2019 Vodja projekta: dr. Franci Gabrovšek Šifra: L1-7555 (B)
Projekt Naravni viri kraških turističnih jam: ravnovesje med varovanjem, izkoriščanjem in promocijo Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Janez Mulec
Projekt Ocena vpliva naravnih in antropogenih procesov na mikrometeorologijo Postojnske jame z uporabo numeričnih modelov ter sodobnih metod zajemanja in prenosa okoljskih podatkov Trajanje projekta: 1. oktober 2014–30. september 2017 Šifra: L2-6762 (B)
Projekt Razvoj novih kamnitih površin, odpornih na biokorozijo in nastanek madežev Trajanje projekta: 1. januar 2013–31. julij 2016 Vodja projekta: dr. Alenka Mauko Pranjić (Zavod za gradbeništvo Slovenije) Šifra: L1-5453 (C)
Projekt Znanstveni temelji za varstvo človeške ribice (proteus anguinus): metodologija monitoringa, ocena izhodiščnega stanja ter identifikacija varstveno pomembnih enot Trajanje projekta: 1. oktober 2014–30. september 2017 Vodja projekta: dr. Peter Trontelj Šifra: L1-6731 (D)
Projekt Krasoslovne raziskave za trajnostno rabo Škocjanskih jam kot svetovne dediščine Trajanje projekta: 1. maj 2017–30. april 2021 Šifra: L7-8268