Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Projekt Naravni viri kraških turističnih jam: ravnovesje med varovanjem, izkoriščanjem in promocijo Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Janez Mulec
Projekt RI-SI-EPOS Trajanje projekta: 1. julij 2018–31. avgust 2021 Šifra: Contract number. C3330-19-952056
Projekt Procesi infiltracije v gozdnatih kraških vodonosnikih ob spremenljivih okoljskih pogojih - ForKarst Trajanje projekta: 1. julij 2019–30. junij 2023 Vodja projekta: Izr. prof. dr. Nataša Ravbar Šifra: J2-1749 (C)
Projekt Mikro-klimatski monitoring v turističnih jamah, primerjava Grand Canyon Caverns s slovenskimi jamami Trajanje projekta: 1. julij 2022–30. junij 2024
Projekt Razumeti krioturbacijo – do boljših napovedi usode ogljika iz talečega permafrosta s pomočjo kraških jam (CryoKarst) Trajanje projekta: 1. december 2022–30. november 2025 Šifra: J6-4634
Projekt Večplastne (multi-proksi) raziskave dedolomitizacije in z njo povezane speleogeneze v osrednji Sloveniji ter njun pomen za razumevanje začetnih faz mineralizacije sulfidov v južni Poljski Trajanje projekta: 1. december 2021–30. november 2024 Vodja projekta: Bojan Otoničar