Program Naravna in kulturna dediščina Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Jerneja Fridl Šifra: IO-0031
Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Projekt Kraški sedimenti: orodje za rekonstrukcijo tektonskega in geomorfnega razvoja kraških področij (na zgledih s kraških ozemelj Slovenije) Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: BI-CZ/09-10-008
Projekt Razvoj modelov speleogeneze v epifreatični coni v pogojih časovno spremenljivega dotoka Trajanje projekta: 1. november 2008–30. april 2012
Projekt Strokovni nadzor in svetovanje pri upravljanju z jamskimi sistemi Trajanje projekta: 14. maj 2008
Projekt Merjenje aktivnih tektonskih struktur na krasu Trajanje projekta: 1. marec 2008–31. december 2009 Šifra: BI-CZ/08-09-015
Projekt Žvepleni izviri v Sloveniji s krasoslovnega vidika in njihova mikrobiota Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J6-0152-0618-08
Projekt Informacijsko-tehnološka mreža za integriranje dolgoročnih ekoloških, biodiverzitetnih in socioekonomskih raziskav na krasu: LTER-Slovenija Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J7-0546-0618-08
Projekt Life Watch Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Vodja projekta: doc. dr. Tanja Pipan Šifra: 211372
Projekt Spremenljivost pretakanja voda in prenosa snovi v krasu ob različnih hidroloških pogojih - primeri z Dinarskega krasa Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2010 Šifra: Z6-0156